Thực hiện chức năng tham mưu cho Cục trưởng trong công tác tài chính, kế toán, chỉ đạo thực hiện thống nhất toàn bộ công tác kế toán, thống kê, thông tin kinh tế và hạch toán kinh tế của Cục theo chế độ hiện hành; kiểm soát, theo dõi, quản lý, sử dụng tài sản và các nguồn vốn của Cục có hiệu quả theo đúng quy định của pháp luật.
Kế toán trưởng, Trưởng phòng: Bà Thái Thị Bích Lan
Phó Trưởng phòng: Ông Nguyễn Hữu Ninh
Phó Trưởng phòng: Bà Nguyễn Thị Lan
Các Tổ chuyên môn:
1. Tổ Kế toán Chi phí xây dựng cơ bản
2. Tổ Kế toán Vật tư
3. Tổ Kế toán Doanh thu
4. Tổ Kế toán Tổng hợp